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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出多的生物技术活性氧，例如抗癌症和身体毒功能。基本，三萜是实现甲羟戊酸途经合出的，并从自然仿真植物和细菌中导出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊发了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的论述职称论文。该论述表明三萜类化学物质野生灵芝粉酸（GA）是在介质培养计划的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物学生成引发的。进行转录组和蛋清质组学技木设备进一次生命的进化无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT引发两类野生灵芝粉酸（GA）的长效机制，并依据几组学技木设备判断到的不同之处DNA和不同之处蛋清，推断出DHT 菌物学合出 GA 的行业。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和功能性归类

用对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体来进行转录组测序共收获67230个转录本和142915个单人类DNA。在一些单人类DNA中，498个被鉴定结论为文化差异表述人类DNA（DEGs），之中213个表述调涨，279个表述上涨（图1A）。GO聚集进行剖析后，DEGs涵盖微生物整个阶段中（BP）、人体細胞成分表（CC）和团伙功能性（MF）3类。在BP等级分类中，出来了前二个子等级分类：抗菌素分解的新陈产生整个阶段中，醋酸钠盐新陈产生整个阶段中和甲酸盐新陈产生整个阶段中;而在CC等级分类中，人体細胞外区、突触混合体、突触型式是前二个亚类。关于MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）催化渗透性、腐蚀复原酶催化渗透性和酸氨（或酰胺）进行连接酶催化渗透性是前二个亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG通道进行剖析中，前30条聚集度最低的通道中含27条应属于新陈产生，之中甲烷气体新陈产生、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈产生、丙酸盐新陈产生数据信号通道显著性聚集（图1D）。

图1|转录混合物析和模块的分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄虫草白色念珠菌菌丝体来对其进行核营养素组学讲解，总计有知道了16,457种独具特色肽、2606种核营养素和2588种一定量核营养素。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的淘汰的条件下，这里2606种核营养素中，94种被鉴定结论为之间的关系化表示核球高核蛋清（DEPs），表中52种上浮，42种调整（图2A），图2C提示了之间的关系化表示核球高核蛋清的聚类研究解析法讲解热图。从GO讲解来看看，BP类型提示，绝大绝通常数DEPs加入醋酸钠盐消化吸收转化率率进程、四环素转化消化吸收转化率率进程和类药物转化消化吸收转化率率进程。CC类DEPs在細胞外区、过脱色物酶体和微体中占有率极限，脱色重现酶活性酶类氧和甲酸脱氢酶（NAD）活性酶类氧在MF类中DEPs的百分比极限（图2B）。与转录组报告相仿，KEGG径路讲解提示，大多DEPs在消化吸收转化率率中含有，表中3条最含有的渠道是光合菌物中的碳固定不动、碳消化吸收转化率率和MAPK无线信号径路（图2D）。因此，用讲解GO数据资料库的CC对DEPs来对其进行亚細胞地位讲解和参考文献标注（图2E），DEPs通常分布区在細胞质（40.66%）、細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论研究上是GAs菌物分解的通常区域。

图2|血清质组的参考值概述和的功能核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转换和對照组待选DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个差别的表答染色体（图3A）。对转录组和蛋清酶酶质组中E组和C组总共的DEGs/DEPs参与聚类阐述法阐述，挖掘mRNA和蛋清酶酶质间有1五个上浮染色体和五个再降染色体，DEGs与其说讲述的DEPs表答含量呈正有关于的，源于Pearson的有关于的弹性系数阐述，在转录组和蛋清酶酶质组间测量到取决于较高的有关于的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查测可是显视，E组和C组1一个DEGs的表明方式技术水平地域差异明显，在当中9个为调涨DEGs，4个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表明方式现象与转录混合物析可是不一。

图3|淀粉酶质组的参考值深入分析和基本功能印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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