
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于抗原动物群特异形、寡核苷酸绘制利润慷慨激昂或基本操作方案更复杂。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯专家教授的团队在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个低利润、跨植物物种、全机构兼容的全新解决方案。
期刊杂志介绍
Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由在我国数高校基因隐性基因性性与阴茎发育动物学调查所和在我国基因隐性基因性性学好主办者的国际性学术界界杂志刊物,强院于新闻稿件生命安全数学和医学设计基因隐性基因性性学范畴行业的原创基地性调查优秀成果。JGG 2028年度反应碳原子7.1,Scopus学术界界杂志刊物品评指标值CiteScore 9.9,居首JCR 2028年度GENETICS & HEREDITY范畴行业Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY范畴行业Q1区,居首在我国数高校杂志刊物系统盘动物学商品类别1区(Top杂志刊物),基因隐性基因性性学和生化模式与碳原子动物学小类双1区。BIOPROFILE
啥是HEATag
精妙的“二合二为一”规划
HEATag是由凝集素和HUH内切酶包含的相融合蛋白质
「wifi定位器」摸块 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化体现(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「拼接器」电源模块 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)数据库索引条型码开始共价接。
“1+1>2”的功能:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行范例符号与产品追溯。
Fig1: HEATag众多标志方式示图图
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实际开展
HEATag那么到底有可以打?
是可以在各个先决条件下,实现目标哺乳期间家禽血血细胞系单血血细胞混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。科研团队协作为 HEATag 使用了多轮 “压力值测试软件”,从肿瘤内部系到肿瘤内部核,从干燥到环境温度,从新鲜范本到紧固范本,全周边所有地方查证它的比较稳明确和靠普性。
第一点轮测试英文面对辅乳两栖动物受损体受损细胞系:探索师决定了基人、鼠、仓鼠多个种群的四种问题受损体受损细胞(HEK293T、K562、MEF、CHO),在恒温下能 HEATag 标识后混杂测序。决定收售的 11447 个受损体受损细胞中,85.66% 都能凭借 HEATag 条状码精准的切换到原种群,样品间交差弄脏特少,UMAP 聚类算法概述也是单独介绍信,HEATag 条状码与种群非特异聊天dna组特证高速一致性。 一会儿,检查经济情况进1步上升:研究方案拜谱生物体验在 4℃下标示生鲜細胞膜、在常温下标示甲醇固定不变位置細胞膜,而且直接的标示細胞膜核。导至照样显眼:因此经济情况下,样例记号与动物群数据信息均极具特好的相关内容性,分拆准确度率超 95%。若果甲醇固定不变位置会导至不严重的转录本交差污染破坏,細胞膜核提纯都会有极少量 RNA 外流,細胞膜性质的标注导至照样与生鲜样例保证同一,证明怎么写 HEATag 也可以标示有差异 处置经济情况下的进行实验样例。
Fig2: HEATag 可在各种不同经济条件下做完单神经元转录组混样研究分析
并能标示哺乳期猎物和海域无脊梁骨猎物的原代神经元
若说生殖細胞系软件测试是 “基本条件题”,那团队样版就算 “追加题”, 这类样版不仅因生殖細胞业务类型繁复、环保适用于性异常,成了标记符号方法的 “重困惑”,而 HEATag 正好在这类 “重困惑” 上展现出了优势可言。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸阻止,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞除了能被更准确辨认,每个注意人体细胞类型、的聚类分析法数据都清晰明了可辨。
更令人惊喜的是HEATag对浅海微生物的配适性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 方形码与种类转录组具备较高不同性,沒有有因高盐环镜致使的 “标志生效”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可满足母乳喂养小动物结构范本多厚 scRNA-seq 分享
Fig4: HEATag可完成新颖海域无脊柱宠物多厚 scRNA-seq 阐述
HEATag与癌细胞的搭配不容易产生转录组的显著性转换
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在已完成标记符号级任务的一并,不要对之后的转录类物质析出现干预, 保障了研发数据库的真人性。
Fig5: HEATag不能关系样本量的 RNA 表现的模式
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将来可期
HEATag 能为单神经细胞调查受到哪种?
HEATag 的交换价值,远以上于 “克服标注事情”,它的方便性和普遍意义,将要为单血细胞的研究打开浏览器太多已经性
从软件解决方法来瞧
HEATag 能覆盖住从 “简简单单较为介绍”(如癌公司与正常情况下公司、性药物工作与参考)到 “大数量学习分析”(如公司组织图谱编写、mtk量要)的全范围内要。发生变化 PIP-seq、Stereo-cell 等多功能可扩张技能的不断发展,HEATag 还能下一步骤增加单组织学习分析的通量,助力器成果转化团队合作落实更多数量的工程项目。从跨科技领域发展潜力一起来看
HEATag 这样不仅符合于转录组学,还能与表观人类基因组学、蛋白酶质组学、室内空间组学等技術融合,进行个性指数和寡核苷酸回文序列,HEATag 能否轻松自在融进了 有所差异的组学工艺流程,不影晌数据信息捕捉到纵深。同样,鉴于HEATag还能否提升单体细胞糖组学的研究技術。BIOPROFILE
配合新动态
拜谱菌物与陈凯客座教授制定初阶段加盟有意向
值得购买关心的是,在 HEATag 能力增添出很大APP发展潜力的背景图下,拜谱怪物学已与中国南方浅海专业与工程建筑惠州市實驗英文室(上海)陈凯客座教授形成首次媒体合作有意向的。夫妻两人本职工作计划强调 HEATag 能力的流通业化半空、成果图片转换图片转换等中心点伸展角度警税,深入推进某些低制造费、跨鱼类的单组织标志能力最快的速度APP于实际上的成果图片转换消费场景,为许多實驗英文室可以提供有效、市场经济的单组织研究分析软件工具,肋力成果图片转换本职工笔者在组织怪物学学、浅海怪物学学、疾患体系等业务领域拿得许多超出